全诗五章，每章四句，从结构上看，可分两大部分，前一部分为有“予美亡此”句的三章，后一部分为有“百岁之后”句的两章。对后一部分是用赋法，诸家无异议，但对前一部分，除第三章皆认为是赋外，第一、二两章却有“兴”、“比而赋”、“赋”等三种说法。“葛生蒙楚（棘），蔹蔓于野（域）”两句，互文见义，都既有兴起整章的作用，也有以藤草之生各有托附比喻情侣相亲相爱关系的意思，也有对眼前所见景物的真实描绘，可以说是“兴而比而赋”。这一开篇即出现的兴、比、赋兼而有之的意象，设置了荒凉凄清、冷落萧条的规定情境，显示出一种悲剧美作。接着，“予美亡此，谁与独处”两句，是表达对去世的配偶表示哀悼怀念之情。这里的比兴意义是：野外蔓生的葛藤蔹茎缠绕覆盖着荆树丛，就像爱人那样相依相偎，而诗中主人公却是形单影只，孤独寂寞，好不悲凉。第三章写“至墓则思衾枕鲜华”（郝懿行《诗问》），“角枕、锦衾，殉葬之物也。极惨苦事，忽插极鲜艳语，更难堪”（牛运震《诗志》）。而“谁与独旦”如释“旦”为旦夕之旦，其意义又较“独处”、“独息”有所发展，通宵达旦，辗转难眠，其思念之深，悲哀之重，几乎无以复加。
后两章，语句重复尤甚于前三章，仅“居”、“室”两字不同，而这两字意义几乎无别。可它又不是简单的重章叠句，“夏之日，冬之夜”颠倒为“冬之夜，夏之日”，不能解释为作歌词连番咏唱所自然形成，而是作者刻意为之。两章所述，体现了诗中主人公日复一日、年复一年的永无终竭的怀念之情，闪烁着一种追求爱的永恒的光辉。而“百岁之后，归于其居（室）”的感慨叹息，也表现出对荷载着感情重负的生命之旅最终归宿的深刻认识，与所谓“生命的悲剧意识”这样的现代观念似乎也非常合拍。
诗分三章。第一章悼惜奄息，分为三层来写。首二句用“交交黄鸟，止于棘”起兴，以黄鸟的悲鸣兴起子车奄息被殉之事。据马瑞辰《毛诗传笺通释》的解释，“棘”之言“急”，是语音相谐的双关语，给此诗渲染出一种紧迫、悲哀、凄苦的氛围，为全诗的主旨定下了哀伤的基调。中间四句，点明要以子车奄息殉葬穆公之事，并指出当权者所殉的是一位才智超群的“百夫之特”，从而表现秦人对奄息遭殉的无比悼惜。
诗的后六句为第三层，写秦人为奄息临穴送殉的悲惨惶恐的情状。“惴惴其栗”一语，就充分描写了秦人目睹活埋惨象的惶恐情景。这惨绝人寰的景象，灭绝人性的行为，使目睹者发出愤怒的呼号，质问苍天为什么要“歼我良人”。这是对当权者的谴责，也是对时代的质询。“如果可以赎回奄息的性命，即使用百人相代也是甘心情愿的啊！”由此可见，秦人对“百夫之特”的奄息的悼惜之情了。第二章悼惜仲行，第三章悼惜针虎，重章叠句，结构与首章一样，只是更改数字而已。
秦穆公用殉177人，而作者只痛悼“三良”，那174个奴隶之死却只字未提，则此诗作者的身分地位不言而喻。殉葬的恶习，春秋时代各国都有，相沿成习，不以为非。《墨子·节葬》篇即云：“天子杀殉，众者数百，寡者数十；将军大夫杀殉，众者数十，寡者数人。”不过到了秦穆公的时代，人们已清醒地认识到人殉制度是一种极不人道的残暴行为，《黄鸟》一诗，就是一个证据。尽管此诗作者仅为“三良”遭遇大鸣不平，但仍然是历史的一大进步。
这是一首性质类似无题的有题诗。意境扑朔迷离，托寓似有似无，比有些无题诗更费猜详。题内的“圣女祠”，或以为实指陈仓（今陕西宝鸡市东）的圣女神祠，或以为托喻女道士居住的道观。后一种说法可能比较接近实际。不过，诗中直接歌咏的还是一位“上清沦谪”的“圣女”以及她所居住的环境—圣女祠。因此，读者首先仍不妨从诗人所描绘的直接形象入手来理解诗意。
古代有不少关于天上神女谪降人间的传说，因此诗人很自然地由眼前这座幽寂的圣女祠生出类似的联想。“白石岩扉碧藓滋，上清沦谪得归迟。”—圣女祠前用白石建造的门扉旁已经长满了碧绿的苔藓，看来这位从上清洞府谪降到下界的圣女沦落在尘世已经很久了。首句写祠前即目所见，从“白石”、“碧藓”相映的景色中勾画出圣女所居的清幽寂寥，暗透其“上清沦谪”的身份和幽洁清丽的风神气质；门前碧藓滋生，暗示幽居独处，久无人迹，微逗“梦雨”一联，同时也暗寓“归迟”之意。次句是即目所见而引起的联想，正面揭出全篇主意。“沦谪得归迟”，是说沦谪下界，迟迟未能回归天上。
颔联从门前进而扩展到对整个圣女祠环境气氛的描绘—“一春梦雨常飘瓦，尽日灵风不满旗。”如丝春雨，悄然飘洒在屋瓦上，迷蒙飘忽，如梦似幻；习习灵风，轻轻吹拂着檐角的神旗，始终未能使它高高扬起。诗人所看到的，自然只是一段时间内的景象。但由于细雨轻风连绵不断的态势所造成的印象，竟仿佛感到它们“一春”常飘、“尽日”轻扬了。眼前的实景中融入了想象的成分，意境便显得更加悠远，诗人凝望时沉思冥想之状也就如在目前。单就写景状物来说，这一联已经极富神韵，有画笔难到之妙。不过，它更出色的地方恐怕还是意境的朦胧缥缈，能给人以丰富的联想与暗示。王若虚《滹南诗话》引萧闲语云：“盖雨之至细若有若无者，谓之梦。”这梦一般的细雨，本来就已经给人一种虚无缥缈、朦胧迷幻之感，再加上高唐神女朝云暮雨的故实，又赋予“梦雨”以爱情的暗示，因此，这“一春梦雨常飘瓦”的景象便不单纯是一种气氛渲染，而是多少带上了比兴象征的意味。它令人联想到，这位幽居独处、沦谪未归的圣女仿佛在爱情上有某种朦胧的期待和希望，而这种期待和希望又总是象梦一样的飘忽、渺茫。同样地，当读者们联系“何处西南待好风”（《无题二首》之一）、“安得好风吹汝来”（《留赠畏之》）一类诗句来细加体味，也会隐隐约约感到“尽日灵风不满旗”的描写中暗透出一种好风不满的遗憾和无所依托的幽怨。这种由缥缈之景、朦胧之情所融合成的幽渺迷蒙之境，极富象外之致，却又带有不确定的性质，略可意会，而难以言传。这是一种典型的朦胧美。尽管它不免给人以雾里看花之感，但对于诗人所要表现的特殊对象—一位本身就带有虚无缥缈气息的“圣女”来说，却又有其特具的和谐与适应。“神女生涯原是梦”（《无题二首》之二）。这梦一般的身姿面影、身世遭遇，梦一般的爱情期待和心灵叹息，似乎正需要这梦一样的氛围来表现。
颈联又由“沦谪”不归、幽寂无托的“圣女”，联想到处境与之不同的两位仙女。道书上说，萼绿华年约二十，上下青衣，颜色绝整，于晋穆帝升平三年夜降羊权家，从此经常往来，后授权尸解药引其升仙。杜兰香本是渔父在湘江岸边收养的弃婴，长大后有青童自天而降，携其升天而去。临上天时兰香对渔父说：“我仙女也，有过谪人间，今去矣。”来无定所，踪迹飘忽不定，说明并非“沦谪”尘世，困守一地；去未移时，说明终归仙界，而不同于圣女之迟迟未归。颔、颈两联，一用烘托，一用反衬，将“圣女”沦谪不归、长守幽寂之境的身世遭遇从不同的侧面成功地表现出来了。
“玉郎会此通仙籍，忆向天阶问紫芝。”玉郎，是天上掌管神仙名册的仙官。通仙籍，指登仙界的资格（古称登第入仕为通籍）。尾联又从圣女眼前沦谪不归的处境转想她从前的情况，“忆”字贯通上下两句。意思是说，遥想从前，职掌仙籍的玉郎仙官曾经与圣女相会，帮助她登上仙界，那时的圣女曾在天宫的台阶上采取紫芝，过着悠闲自在的仙界生活，而此时却沦谪尘世，凄寂无托，不能不慨然。一结以“忆”字唤起今昔之感，不言而黯然神伤。“天阶问紫芝”与“岩扉碧藓滋”正构成天上人间的鲜明对照。
这首诗成功地塑造了一位沦谪不归、幽居无托的圣女形象。有的研究者认为诗人是托圣女以自寓，有的则认为是托圣女以写女冠。实际上圣女、女冠、作者，不妨说是三位而一体：明赋圣女，实咏女冠，而诗人自己的“沦谪归迟”之情也就借圣女形象隐隐传出。所谓“圣女祠”，大约就是女道观的异名，这从七律《圣女祠》中看得相当清楚。所不同的，只是《圣女祠》借咏圣女而寄作者爱情方面的幽渺之思，而《重过圣女祠》则借咏圣女而寄其身世沉沦之慨罢了。清人钱泳评“梦雨”一联道：“作缥缈幽冥之语，而气息自沉，故非鬼派”（《履园谭诗》）。由于其中融合了诗人自己遇合如梦、无所依托的人生体验，诗歌的意境才能在缥缈中显出沉郁。尾联在回顾往昔中所透露的人间天上之感，也隐然有诗人的今昔之感寄寓在里面。